- ТОО «Казахский НИИ переработки сельскохозяйственной продукции» основан в 1959 году как Казахский филиал Всесоюзного НИИ зерна и продуктов его переработки в городе Акмолинск.
- В декабре 1986 года Казахский филиал ВНИИЗ был переименован в Казахский филиал ВНПО «Зернопродукт».
- В июле 1988 года Казахский филиал ВНПО «Зернопродукт» был переименован в Казахский филиал ВНИИЗ ВНПО «Зернопродукт».
- В соответствии с Постановлением Кабинета Министров РК от 09.01.1992 г. №15 Казахский филиал ВНПО «Зернопродукт» передан в ведение Казахской академии сельскохозяйственных наук и постановлением Кабинета Министров РК от 07.04.1992 г. преобразован в Казахский научно-исследовательский институт зерна и продуктов его переработки.Указом Президента РК от 24.05.1996 г. №3001 Казахская академия сельскохозяйственных наук преобразована в Национальный академический центр аграрных исследований.Постановлением Правительства РК от 25.12.1998 г. Казахский НИИЗерна и продуктов его переработки преобразован в Республиканское государственное казённое предприятие «Казахский НИИ Зерна и продуктов его переработки».
- 20 августа 2007 года решением Совета директоров АО «КазАгроИнновация» Институт преобразован в ТОО «НПЦ пищевой промышленности и биотоплива».
- 21 апреля 2008 году ТОО «НПЦ пищевой промышленности и биотоплива» перерегистрировано в ТОО «Казахский НИИ переработки сельскохозяйственной продукции».
- С 2008 по 2010 годы в состав Института входили два филиала – Алматинский и Семипалатинский.
С 2019 г. ТОО «Казахский НИИ переработки сельскохозяйственной продукции» преобразован в Астанинский филиал ТОО «Казахский НИИ перерабатывающей и пищевой промышленности». В период с 1992 по 1996 гг. институт находился в системе Казахской Академии сельскохозяйственных наук; с 1996 до декабря 2002 г. в системе Национального академического центра аграрных исследований (НАЦАИ) Министерства образования и науки Республики Казахстан. С 2007 по 2015 годы Институт в системе АО «КазАгроИнновация» Министерства сельского хозяйства Республики Казахстан. С 2016 г. входит в состав НАО «Национальный аграрный научно-образовательный центр» МСХ РК (НАО «НАНОЦ»).
ТОО «КазНИИППП» занимается научно-технологическим обеспечением вопросов хранения и переработки зернового и масличного сырья, разработкой инновационных технологий и созданием наукоемких продуктов.
В состав ТОО «КазНИИППП» входят следующие научные коллективы:
- первичной переработки растительного сырья;
- глубокой переработки продукции растениеводства;
- переработки масличного сырья;
- микробиологии и пищевой безопасности.
Лаборатории оснащены современным оборудованием и материалами: мини-пекарня, аппарат для производства пасты «SIRMAN CONCERTO», Двухлучевой спектрофотометр UV 1900i, комплексное прессовочное оборудование Farmer 20 FM, анализатор Сокслета АСВ-6, вакуумно-выпарная установка, мельница ножевая Grindomix GM 200, проращиватель семян «Гений 2/3 (Cennie)», анализатор фритюрного масла DOM-24 and AV.
Заключены меморандумы о сотрудничестве с ведущими научными организациями: деловая исследовательская ассоциация «Sachsen Leinen e.V.», Германия, ФГБОУ ВПО «Костромской государственный технологический университет», Россия, г. Кострома, Всероссийский научно-исследовательский институт жиров, г. Санкт-Петербург, ВНИИК филиал ФГБНУ «ФНЦ пищевых систем им. В.М. Горбатова», «Федеральный научный центр животноводства ВИЖ им. академика Л.К. Эрнста» РАН, г. Москва, ФГАНУ «НИИ хлебопекарной промышленности», г. Москва, РУП «Научно-практический центр НАН Белоруссии по продовольствию», г. Минск, РУП «Научно-практический центр Белоруссии по механизации сельского хозяйства», г. Минск, Северо-Западный университет сельского и лесного хозяйства, Китай.